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收到短信通知汽车违章，但在交管12123上查不到的原因可能有以下几点。
1、短信通知可能存在延迟或误发的情况，有时由于系统繁忙或数据更新不及时，可能会导致短信通知与实际情况存在误差。
2、可能是数据未同步导致的，某些地方交警可能在现场执法时直接记录车辆违章信息，但这样的信息更新可能需要一段时间才能同步到交管系统，即使收到了短信通知，也可能在交管平台上暂时查不到相关记录。
3、有可能是查询方式不正确或查询平台存在问题，可以尝试重新查询或咨询相关部门工作人员了解具体情况。
针对上述情况，可以尝试以下解决方案：
1、可以稍等一段时间再重新查询，确保信息同步完成。
2、可以直接联系当地交警部门或车管所咨询相关情况，了解具体的违章信息，确保自己在交管平台上的注册信息是正确的，包括车牌号、发动机号等。
如果怀疑存在误判或误发短信的情况，建议及时与当地交警部门沟通核实，以避免不必要的困扰和损失。